Trước tiên, người nộp thuế cần phải:
- Download và update lại phần mềm HTKK 3.3.0
- In tờ khai ra PDF rồi nộp
- Kê khai thuế qua mạng 
- Nộp bản cứng (in ra giấy)
- Tiến hành backup lại dữ liệu (trên phần mềm HTKK, Click vào công cụ -> Sao lưu dữ liệu) -> Gỡ bỏ phần mềm HTKK -> Xóa sach Datafile cũ -> Khởi động lại máy tính -> Download và cài đặt lại phần mềm HTKK 3.3.0. -> Kê khai lại
- Riêng đối với tờ khai GTGT, nếu số lượng hóa đơn quá lớn, NNT kết xuất tờ khai GTGT ra file Excel -> Copy dữ liệu từ file Excel vừa kết xuất rồi sang bảng kê mua vào bán ra (mẫu bảng kê có thể lấy ở phần trợ giúp trên phần mềm HTKK)
- Sau đó cài lại phần mềm HTKK 3.3.0 -> Xóa dữ liệu tờ khai đã khai trước đó -> Vào từng phụ lục tải lại bảng kê.-> ghi dữ liệu rồi kết xuất tờ khai XML và nộp thử.

Sau khi thử làm các bước bên trên không được, Người nộp thuế có thể mở và chỉnh sửa mã nguồn file XML. Để giúp NNT dễ dàng thao tác, Các bạn tải phần mềm soạn thảo mã nguồn Notepad++. Phần mềm này rất gọn nhẹ, hỗ trợ đếm số dòng rất tiện lợi cho việc tìm vị trí dữ liệu bị sai để sửa cho đúng.

Cài đặt: Sau khi download các bạn mở file cài đặt ứng dụng -> Next.....Install cho đến khi quá trình cài đặt hoàn tất.
Cách sử dụng: NNT click chuột phải vào file XML được kết xuất ra từ phần mềm HTKK 3.3.0 -> Chọn Edit with Notepad++sawa.vn

Để tìm đúng số dòng cần tìm bạn nhìn ở cột bên trái 

Lưu ý:

- giá trị nào sai thì sửa giá trị đó, không sửa những giá trị khác.

- Các tờ khai khác nhau có thể sai dữ liệu ở các dòng khác nhau. Vì vậy số dòng bị sai được minh họa trong bài viết này chỉ dùng để tham khảo, NNT đang khai tờ khai gì thì đọc kỹ hướng dẫn áp dụng cho loại tờ khai đó.

1. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 21. - Chi tiết: cvc-pattern-valid: Value '01-10-2014' is not facet-valid with respect to pattern '((0?[1-9]|[12][0-9]|3[01])/(0?[1-9]|1[012])/(19|20)dd)?' for type 'DateType'.
Cách sửa:
Mở Tìm tham số 01-10-2014 => Sửa thành 01/10/2014 rồi lưu lại (Sửa dấu gạch ngang thành gạch chéo, chỉ sửa tham số này, không sửa thêm các tham số khác). Sau đó thử nộp lại.

 
2. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. - Dữ liệu sai tại dòng: 156. - Chi tiết: cvc-datatype-valid.1.2.1: " is not a valid value for 'integer'
 
- Nguyên nhân chính gây ra lỗi trên là ở phụ lục bán ra của tờ khai 01/GTGT, NNT để thừa dòng trống không có dữ liệu. NNT vui lòng click vào những dòng đó và ấn F6 để xóa dòng. Sau đó kết xuất lại tờ khai XML và nộp lại là được.
- Người nộp thuế lưu ý, kể từ quý I/2015 doanh nghiệp không phải nộp bảng kê mua vào, bán ra khi nộp tờ khai thuế GTGT vì vậy, sau khi đã kê khai và có số liệu tổng doanh thu và tổng thuế bán ra, NNT có thể xóa bỏ phụ lục này.

3. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 92. - Chi tiết: cvc-complex-type.2.4.b: The content of element 'HDonHetGTriSDung' is not complete. One of '{"http://kekhaithue.gdt.gov.vn/TKhaiThue":ChiTietHoaDon}' is expected.
Lỗi này có 2 nguyên nhân sau:
- Do NNT khi kê khai báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn check chọn vào phụ lục "Mẫu 3.12: Kỳ báo cáo cuối cùng". Vì vậy NNT vui lòng xóa phụ lục này đi rồi kết xuất XML tờ khai và nộp bình thường.
- Đối với cách doanh nghiệp đổi địa chỉ đăng ký kinh doanh nhưng vẫn muốn sử dụng tiếp hóa đơn cũ để tiết kiệm chi phí, NNT sẽ phải khai trên phụ lục "Mẫu 3.12: Kỳ báo cáo cuối cùng".

Nhưng do phần mềm HTKK 3.3.0 đang bị lỗi, NNT có thể khắc phục theo 2 cách:
    + Tiến hành kê khai trực tuyến trên website: nhantokhai.gdt.gov.vn
    + Tiến hành sửa file XML: Thêm các thành phần vào giữa cặp thẻ như hình dưới rồi lưu lại và nộp tờ khai.

4. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 102. - Chi tiết: cvc-complex-type.2.4.b: The content of element 'HDonDKiTiepSDung' is not complete. One of '{"http://kekhaithue.gdt.gov.vn/TKhaiThue":ChiTietHoaDon}' is expected.

5. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 55. - Chi tiết: cvc-datatype-valid.1.2.1: '' is not a valid value for 'date'.
  Lỗi này xảy ra khi trên tờ khai báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn bị thiếu giá trị ngày ở cặp thẻ ngayDauKyBC và ngayCuoiKyBC. Người nộp thuế mở tờ khai bằng Notepad++ và sửa như sau:

6. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD: -Dữ liệu sai tại dòng: 53. - Chi tiết: cvc-pattern-valid: Value '' is not facet-valid with respect to pattern '1701|1704|1705|0000|1761|1052|1056|1057' for type 'tieuMucHT_empty'.
Cách sửa: Mở tờ khai XML bằng Notepad, tìm dòng "tieuMucHachToan" và thêm số tiêu mục hạch toán vào. Tuy nhiên mỗi loại tờ khai lại có tiểu mục hạch toán khác nhau nên NNT lưu ý khi điền:
+ Tờ khai thuế GTGT khấu trừ 01/GTGT: 1701
+ Tờ khai thuế tiêu thụ đặc biệt 01/TTĐB: 0000

7. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 122. - Chi tiết: cvc-datatype-valid.1.2.1: '' is not a valid value for 'integer'.  
- Lỗi này thường xảy ra khi NNT lập tờ khai quyết toán thuế TNCN để trống chỉ tiêu 19 "Số thuế TNCN đã khấu trừ". Chỉ tiêu này bắt buộc phải nhập. Vì vậy nếu cá nhân đó chưa khấu trừ thuế TNCN thì phải để số tiền là 0 (không được bỏ trống). 

8. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD: cvc-pattern-valid: Value’0100691544005’ is not facet-valid with respect to pattern “([0-9]{10})(-[0-9]{3})? for type ‘TINType’.
      Lỗi này xảy ra do NNT kê khai sai nội dung trên hóa đơn, nguyên nhân thường gặp nhất là do gõ MST có dấu cách ở giữa hoặc ở cuối hoặc gõ mã số thuế chi nhánh bị thiếu dấu gạch ngang tách riêng 3 số cuối, NNT sửa lại cho đúng và lưu lại là được.

9. Cảnh báo: Tờ khai không đúng định dạng với XSD. -Dữ liệu sai tại dòng: 445. - Chi tiết: cvc-datatype-valid.1.2.1: '0.00' is not a valid value for 'integer'.
        Người nộp thuế gặp lỗi này khi nộp tờ khai báo cáo tài chính theo định dạng XML. Để sửa lỗi này, NNT mở tờ khai bị lỗi bằng Notepad++, tìm tới dòng bị lỗi và sửa giá trị 0.00 thành 0 rồi lưu lại và nộp tờ khai.

10. Cảnh báo: Hồ sơ chưa đăng ký nộp qua mạng
       Lỗi này tuy thông báo lỗi không giống lỗi tờ khai không đúng định dạng XSD nhưng cách sửa tờ khai tương tự
Nguyên nhân gây ra lỗi:
- NNT chưa đăng ký loại tờ khai cần nộp
- NNT đã đăng ký nhưng sai kiểu kỳ kê khai (ví dụ NNT đang nộp tờ khai theo quý nhưng lại đăng ký là theo tháng): Nếu gặp trường hợp này NNT vui lòng đăng ký ngừng tờ khai sau đó đăng ký thêm tờ khai cho đúng. Xem thêm hướng dẫn tại đây
- Do lỗi phần mềm HTKK: thường gặp nhất là khi NNT kê khai tờ khai thông báo hủy hóa đơn mẫu TB03/AC. Khi NNT đăng ký kiểu kỳ kê khai thì tờ khai này chỉ cho chọn theo từng lần phát sinh.

Tuy nhiên ứng dụng HTKK 3.3.0 bị lỗi, khi kê khai và kết xuất tờ khai này sẽ mặc định kiểu kỳ kê khai là theo quý. Do đó khi nộp tờ khai TB03/AC, NNT sẽ gặp cảnh báo hỗ sơ chưa đăng ký nộp qua mạng. Để sửa lỗi này, NNT mở tờ khai bằng Notepad++ và sửa như sau:

Bài viết đọc thêm: Hướng dẫn nộp tờ khai thuế GTGT 2015

Nguồn: internet